黄教授荣获诸多奖项,如英联邦卫生部长奖、黄斑协会Arnall Patz奖、美国爱尔康研究院奖、美国艾森豪威尔基金。多次受邀作为荣誉讲座主讲人,如De Ocampo Lecture & the Jose Rizal Medal Lecture、Tano Lecture、the Fred Hollows Lecture、the Sir Runme Shaw Memorial Lecture、the Sir Norman McAlister Gregg Lecture。
他是新加坡国立大学顶尖研究员,两次获得杰出研究员奖(2004年和2009年)及澳大利亚墨尔本大学Woodward Medal。2010年,被授予新加坡全国杰出临床医师科学家奖和新加坡总统科学奖;2014年,荣获新加坡总统科学与科技奖,此为表彰新加坡健康科学贡献的最高荣誉。
黄教授是新加坡国家科学院院士(该院仅有两名医师院士)。2020年,当选美国国家医学院外籍院士;2021年,当选澳大利亚健康与医学科学院外籍(通讯)院士。
2023年,黄教授获北京市人民政府授予的第16届北京市“长城友谊奖”。